È una storia quasi millenaria quella dell’Abbazia di San Paolo d’Argon. E ha inizio con la firma di un documento che ne decreterà i futuri sviluppi. È il 19 maggio del 1079, quando Giselberto, appartenente a un ramo della famiglia dei conti di Bergamo, stipula un atto di donazione in favore del convento di San Pietro a Cluny. Oggetto del documento, un terreno attiguo al monte d’Argon che dovrà ospitare un monastero dedicato agli Apostoli Paolo e Pietro. Il convento viene costruito in tempi brevi, tanto che le prime testimonianze della sua presenza risalgono al 1092.
Trascorrono gli anni, i decenni e i secoli. Il convento attraversa un periodo di relativo decadimento, ma nel XIV secolo qualcosa cambia anche per l’ingresso nella storia di questo luogo di una figura imparentata con il condottiero bergamasco più famoso della storia locale. Nel 1466, per ordine di papa Paolo II, il monastero viene dato in commenda a Giovanni Battista Colleoni, nipote di Bartolomeo Colleoni. Sarà lui, due decenni più tardi a rinunciare al godimento del beneficio e offrire il convento alla Congregazione di Santa Giustina di Padova, denominata pochi anni dopo Cassinese. L’annessione è sancita il 14 maggio 1496 con una bolla di Alessandro VI in cui si stabilisce anche che al superiore del monastero spetti il titolo di abate.
I nuovi monaci si impegnano a ristrutturare l’edificio, che mantiene inalterata la struttura fino al 1512, anno della prima ricostruzione. Con questo intervento nasce il chiostro piccolo, tuttora mirabile per le perfette proporzioni rinascimentali, l’eleganza delle decorazioni in cotto e la raffinatezza dei capitelli delle colonne: tutti elementi che suggeriscono il nome del maggior architetto bergamasco del tempo Pietro Isabello (o Cleri) detto Abano, cui spettano gli ambienti successivi dell’edificio.
All’Isabello, l’abate Gregorio di Mantova commissiona (tra il 1532 e il 1536) la realizzazione del refettorio comunitario che si apre sul lato meridionale del chiostro, trasformato nel ‘900 in cappella. È probabilmente ancora l’Isabello a ideare il secondo chiostro del convento, voluto sempre dall’abate Gregorio negli stessi anni. Il progetto iniziale prevedeva una pianta quadrata con 40 colonne. La forma attuale, con 32 colonne e forma rettangolare, è stata definita al momento dell’edificazione, avvenuta durante l’Abbaziato di Cassiodoro di Novara (1536-1540). L’abate Fulgenzio da Mantova, a capo del monastero dai 1599 al 1602, fa erigere, sul lato sud-est del chiostro grande, un nuovo refettorio, destinato a sostituire quello del chiostro minore, di cui non si conosce il progettista.
Tra il 1608 e il 1613 il cortile maggiore del convento viene completato con la costruzione della parte orientale: in essa si aprono tre grandi ambienti tra cui la Sala Capitolare. Negli anni successivi l’intervento più significativo si deve all’abate Barbisoni di Brescia, che tra il 1624 e il 1627 commissiona al pittore veronese Giovanni Battista Lorenzetti la decorazione della volta a sesto ribassato del refettorio nuovo.
Il 6 giugno 1797 Napoleone Bonaparte, accampato a Mombello, emana un’ordinanza che porta alla soppressione del monastero. I beni sono incamerati dall’Ospedale di Bergamo. Ridotto a casa colonica, nel 1935 il monastero viene acquistato dai coniugi Giovanni e Luigina Prometti che ne fanno dono al vescovo Adriano Bernareggi. Sarà lui a destinare il corpo principale al Patronato San Vincenzo di don Bepo Vavassori. Nel 1978 il complesso sempre a opera di Don Bepo diviene Centro di spiritualità.
Tra il 2008 e il 2012 viene sottoposta a un imponente opera di restauro che riporta l’Abbazia di San Paolo d’Argon all’antico splendore.